Kirjolohinaaraiden pääsy taimen- ja harjusvesien kutualueille voi aiheuttaa haittoja alkuperäisille kalakannoille. Vaikka kirjolohi ei yleensä lisäänny onnistuneesti Suomen virtavesissä, sen kutukäyttäytyminen voi vahingoittaa taimenen kutupesiä ja vaikeuttaa kevätkutuisten lajien, kuten harjuksen, lisääntymistä.

Pyyntikokoiset kirjolohi-istukkaat ovat useimmiten naaraita, ja kutukypsinä ne kaivavat kutukuoppia, vaikka koiraita ei olisikaan läsnä. Kirjolohen kutu ajoittuu kevääseen — aikaan, jolloin taimenen mätijyvät tai ruskuaispussivaiheen poikaset ovat hyvin hauraita ja yhä soraikossa. Jos kirjolohi kaivaa pesänsä taimenen aiemmalle kutualueelle, se voi huuhtoa tai vahingoittaa taimenen jälkikasvua.

Koska sekä kirjolohi että harjus kutevat keväällä, kirjolohen voimakas ja aggressiivinen käyttäytyminen voi myös häiritä harjuksen kutua. Tämä saattaa heikentää harjuskannan luontaista uusiutumista, erityisesti pienissä virtavesissä, joissa tila ja soraikkoalueet ovat rajallisia.